Tom Cruise telah dilahirkan pada 3 Julai 1962, di Syracuse, New York. Bapanya, Thomas Cruise Mapother III adalah seorang jurutera yang sering berpindah-randah, ibunya ialah Mary Lee Pfeiffer. Akibatnya, pada usia 14 tahun dia telah memasuki 15 sekolah yang berlainan di Amerika Syarikat dan juga Kanada. Akhirnya keluarganya telah menetap di Glen Ridge, New Jersey. Tom mempunyai empat adik beradik dan kesemuanya adalah perempuan. Sebagai anak lelaki yang tunggal, dia sangat dimanjai oleh ibunya. Manakala, bapanya pula adalah seorang yang sangat bengis dan kejam. Tom mengakui bahawa dia sering didera oleh bapanya. Pada usia 11 tahun, bapanya telah meninggalkan keluarganya dan enggan membayar nafkah kepada mereka. Akibatnya, keluarga Tom Cruise telah hidup dalam kemiskinan sehingga ibunya terpaksa mengambil 3 pekerjaan untuk menampung kehidupan mereka.

Faktor-faktor ini telah menjadikan Tom seorang pemalu yang kerap dibuli di sekolah. Tambahan pula, dia menghidapi masalah dyslexia dan ini telah menjejaskan pelajarannya. Sewaktu menghadiri sebuah sekolah mubaligh di Cincinnati, dia mula bercita-cita menjadi seorang paderi Katolik. Walaupun begitu sewaktu di sekolah tinggi, minatnya berubah kepada dunia lakonan apabila berjaya mendapat watak utama dalam persembahan muzikal yang bertajuk Guys and Dolls.